Bảo tàng được thành lập vào năm 1939 nhờ việc mua lại một container hàng từ người Quimbaya, trong đó chứa những hiện vật được chế tác từ 1.500 đến 2.000 năm trước.

Đến nay, bảo tàng đang sở hữu hơn 34.000 lượng vàng, thuộc các nền văn hóa bản địa từ đế chế Inca.

Những tác phẩm được trưng bày hầu hết đều rất có giá trị và tiêu biểu cho thời tiền Columbo ở Nam Mỹ cùng với đồ gỗ, gốm, dệt may và các khảo cổ khác. Chúng kể những câu chuyện riêng về Columbia trước ngày bị châu Âu xâm nhập và đồng hóa.

Người Nam Mỹ làm giàu bằng vàng và bạc, họ khai thác ở mỏ Andes và chế tạo ra các đồ trang sức tinh xảo từ những kim loại quý này hàng nghìn năm qua.

Người Nam Mỹ sử dụng vàng trong các nghi lễ tôn giáo, như một vật báu để dâng lên các vị thần.

Khi người Tây Ban Nha đến, họ nhanh chóng bóc lột và tịch thu hàng nghìn những chế phẩm vàng bạc.

Chỉ có một số ít là còn được lưu giữ trong những ngôi mộ bí mật và các địa điểm linh thiêng của người Columbia. Chúng chính là những gì còn sót lại mà chúng ta được thấy ngày nay trong bảo tàng Bogota.

Bộ sưu tập quý giá nhất của bảo tàng là Muisca Raft được tìm thấy vào năm 1886 trong một hang động ở Colombia.

Bề mặt vàng vẫn mịn nguyên và sự đối xứng chính xác của các mặt nạ hay vương miện khiến giới kiểm định phải kinh ngạc.